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Als Folgemaßnahme zu meinem Post von gestern entschied ich mich, TreeMix auf einem Datensatz auszuführen, den ich zufällig auf der Hand hatte (siehe Inferenz von Populationssplits und Gemischen aus genomweiten Allelfrequenzdaten für weitere Informationen zu TreeMix). Grundsätzlich wollte ich einen Baum mit und ohne Genfluss darstellen.

Die technischen Details sind unkompliziert. I LD beschnitten ~ 550.000 SNPs auf ~ 150.000. Ich habe TreeMix ohne und mit Migrationsparametern ausgeführt, wobei die Bantu-Kenia-Bevölkerung die Wurzel ist. Als ich schließlich den Migrationsparameter einschaltete, stellte ich ihn für 5 ein. Die Ergebnisse werden unten angezeigt.

Die meisten Flüsse werden ziemlich erwartet. Der westeuropäische Fluss von den Türken zu den Uyguren ist sinnvoll, weil es eine große westasiatische Komponente zu dem gibt, was die Uiguren haben (von den Ostiranern?). Die Chuvash sind eine turkische Gruppe mit geringer, aber bedeutender turkischer Komponente. Die russische HGDP-Stichprobe hat einige osteurasische Vorfahren. Und die Marokkaner haben auch afrikanische Vorfahren. Aber Ihre Vermutung ist so gut wie meine mit dem Bantu-Fluss. Ich glaube, Kenia. Es wird also versucht, die Mischung aus Nilotic als generalisierter Eurasianer zu interpretieren.

Ein kleiner Hinweis: Die Installation von TreeMix und das Generieren der entsprechenden Dateien aus dem Stammbaum-Format ist nicht allzu schwierig. Sie können jedoch verwirrt sein, wie die Pedigree-Eingabedatei erstellt wird. Sie machen es wie in PLINK:

 ./plink --noweb --bfile YourFile --freq --in YourGroupNamesFile --out YourOutPutFile 

Es ist das letzte, was Sie in Python-Konvertierungsskript von TreeMix einfügen möchten. Die YourGroupNamesFile-Datei ist im Wesentlichen die .fam-Datei mit einer zusätzlichen Spalte, der Bevölkerungsnamen für jede Person.

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